Újgenerációs szekvenálási technológián alapuló genomikai szolgáltatások akadémiai és ipari partnereknek

Magyar Genomika
és Bioinformatika
Központ

Újgenerációs szekvenálási technológián alapuló genomikai szolgáltatások akadémiai és ipari partnereknek

A Magyar Genomika és Bioinformatika Központ a Pécsi Tudományegyetem kutatási és diagnosztikai infrastruktúrájára építve nyújt magas színvonalú genomikai és bioinformatikai szolgáltatásokat. A külső partnerek felé történő szolgáltatásnyújtás szervezeti és jogi kereteit az egyetem 100%-os tulajdonában álló PTE Inno-Capital Kft. biztosítja, amely a piaci együttműködések professzionális koordinációjáért, szerződéses lebonyolításáért és kommunikációjáért felel. Ez a modell garantálja, hogy az ipari és intézményi partnerek egyetlen, átlátható kapcsolattartási ponton keresztül férjenek hozzá az egyetemi kiválóságra épülő szolgáltatásokhoz.

DNS szekvenálás

Humán teljes exom könyvtárkészítés és szekvenálás

2x150 bp, 100X lefedettség

Humán teljes genom könyvtárkészítés és szekvenálás

2x150 bp, 30X lefedettség

Eukarióta teljes genom könyvtárkészítés és szekvenálás 1 Gbp-ig

2x150 bp, 30X lefedettség

Vírus és prokarióta teljes genom könyvtárkészítés és szekvenálás

2x150 bp, 100X lefedettség

RNS szekvenálás

Humán teljes exom könyvtárkészítés és szekvenálás

QuantSeq 3' vég szekvenálás, UMI jelölés, 10 M read

Transzkript szekvenálás

polyA dúsítás, szálspecifikus, 10 M read

Mély transzkript szekvenálás

rRNS depléció, szálspecifikus, 50 M read

Kis RNS szekvenálás

10 M read

Metagenomika

Metagenom szekvenálás

2x150 bp, 10 M read

Teljes 16S rRNS szekvenálás

Hosszú reades platformon, 15 000 read

Metatranszkriptomika

rRNS depléció, 2x150 bp, 50 M read

Epigenetika

RRBS könyvtárkészítés és szekvenálás

50 M read

WGBS teljes biszulfit könyvtárkészítés és szekvenálás

30x lefedettség

Csak szekvenálás könyvtárkészítés nélkül

Kész könyvtárak szekvenálása

500 M read

Műszerpark

Központunk korszerű technológiai háttérrel és az ország egyik legszélesebb körű omikai műszerparkjával szolgálja a genomikai, bioinformatikai és sejtbiológiai kutatásokat, lefedve a gén-, fehérje- és sejtszintű vizsgálatok teljes spektrumát.

Genomika

Illumina NovaSeq X Plus

Illumina NovaSeq X Plus

Illumina NovaSeq X Plus

Az Illumina legújabb, ultramagas áteresztőképességű szekvenáló platformja. Egy futás során akár 16 000 teljes humán genomot képes előállítani, rendkívüli költséghatékonysággal.

  • Teljes genom szekvenálás (WGS)
  • Populációgenetikai vizsgálatok
  • Nagyszabású klinikai kutatások
Short-read NGS25 Gb/futás
Thermo Fisher Genexus

Thermo Fisher Genexus

Thermo Fisher Genexus

Teljesen automatizált, mintától eredményig futó szekvenáló rendszer. Különösen alkalmas klinikai diagnosztikai munkafolyamatokra, ahol a gyorsaság kritikus.

  • Onkológiai panel szekvenálás
  • Klinikai diagnosztika
  • Gyors turnaround idejű projektek
Ion TorrentAutomatizált
PacBio Sequel IIe

PacBio Sequel IIe

PacBio Sequel IIe

Hosszú leolvasású (long-read) szekvenáló platform, amely akár több tíz kilobázisos szakaszokat is képes egyetlen olvasatban lefedni. Kiváló strukturális variánsok és ismétlődő régiók feltárásához.

  • De novo genom összeállítás
  • Strukturális variáns detekció
  • Teljes hosszúságú izoforma szekvenálás
Long-read HiFi>15 kb olvasatok
Oxford Nanopore MinION

Oxford Nanopore MinION

Oxford Nanopore MinION

Hordozható, valós idejű szekvenáló eszköz, amely nanopórus-technológiával közvetlenül olvassa le a DNS- vagy RNS-szálakat. Gyors és rugalmas megoldás terepi és klinikai alkalmazásokhoz.

  • Valós idejű patogén azonosítás
  • Epigenetikai módosítások közvetlen detekciója
  • Terepi szekvenálás
NanoporeValós idejű
Illumina NextSeq 550

Illumina NextSeq 550

Illumina NextSeq 550

Közepes áteresztőképességű asztali szekvenáló, amely exom-, transzkriptom- és célzott panel szekvenálási feladatokra egyaránt alkalmas. Beépített array-szkennelő funkcióval is rendelkezik.

  • Exom szekvenálás
  • RNS-szekvenálás
  • Célzott panel vizsgálatok
Short-read NGS120 Gb/futás
Illumina iScan

Illumina iScan

Illumina iScan

Mikroarray-szkenner rendszer, amely DNS-chipek nagyfelbontású leolvasására szolgál. Ideális genotipizálási, génexpressziós és metilációs array vizsgálatokhoz.

  • SNP genotipizálás
  • Génexpressziós profilozás
  • DNS-metilációs array elemzés
MicroarrayNagyfelbontású
GeneMind SURFSeq 5000

GeneMind SURFSeq 5000

GeneMind SURFSeq 5000

Új generációs, nagy áteresztőképességű szekvenáló platform, amely felületkötött szekvenálási technológián alapul. Költséghatékony megoldás nagyvolumenű projektekhez.

  • Nagyléptékű genom projektek
  • Metagenomikai vizsgálatok
  • Populáció szintű szűrések
DNBSEQNagy kapacitás

Bioinformatika

HPC Computing Cluster

HPC Computing Cluster

HPC Computing Cluster

Nagy teljesítményű számítási klaszter, amelyet genomikai és bioinformatikai elemzések futtatására optimalizáltunk. Párhuzamos feldolgozás révén nagyságrendekkel gyorsítja a számításigényes munkafolyamatokat.

  • Genom összeállítás és illesztés
  • Variáns detekció pipeline-ok
  • Gépi tanulás alapú predikció
HPCPárhuzamos feldolgozás
HPC Storage Cluster

HPC Storage Cluster

HPC Storage Cluster

Nagy kapacitású, elosztott tárolórendszer, amely a szekvenálási adatok biztonságos és gyors elérését garantálja. Szorosan integrált a számítási klaszterrel a maximális adatátviteli sebesség érdekében.

  • Petabájt-léptékű adattárolás
  • Bioinformatikai adatbázisok kiszolgálása
  • Gyors I/O a számítási feladatokhoz
HPC StorageElosztott fájlrendszer
IPA – Ingenuity Pathway Analysis

IPA – Ingenuity Pathway Analysis

IPA – Ingenuity Pathway Analysis

Prémium bioinformatikai szoftverplatform, amely génlisták biológiai útvonalakra és funkciókra való leképezését végzi. Segít az eredmények biológiai kontextusba helyezésében.

  • Útvonal- és hálózatelemzés
  • Upstream regulátor predikció
  • Betegség–gén összefüggések feltárása
SzoftverPathway analízis
NAS Storage rendszerek

NAS Storage rendszerek

NAS Storage rendszerek

Hálózati adattárolók a kutatási adatok hosszú távú archiválásához és megosztásához. Redundáns felépítésük garantálja az adatbiztonságot.

  • Kutatási adatok archiválása
  • Csoportszintű fájlmegosztás
  • Automatikus biztonsági mentés
NASRedundáns tárolás
SW ROK Windows Szerverek

SW ROK Windows Szerverek

SW ROK Windows Szerverek

Dedikált szerverinfrastruktúra Windows-alapú bioinformatikai és adatkezelési szoftverek futtatásához. Központilag menedzselt, biztonságos környezet.

  • Windows-alapú elemzőszoftverek
  • Adatbázis-kiszolgálás
  • Távoli asztali hozzáférés kutatóknak
Windows ServerKözponti menedzsment

Tömegspektrometria

Thermo Ultimate 3000 UHPLC + TSQ Quantiva

Thermo Ultimate 3000 UHPLC + TSQ Quantiva

Thermo Ultimate 3000 UHPLC + TSQ Quantiva

Ultra-nagy nyomású folyadékkromatográffal kapcsolt hármas kvadrupól tömegspektrométer. Rendkívüli érzékenységű célzott kvantitatív méréseket tesz lehetővé biológiai mintákból.

  • Célzott metabolit kvantifikálás
  • Gyógyszer-metabolizmus vizsgálatok
  • Biomarker validálás
UHPLC–MS/MSHármas kvadrupól
Dionex Ultimate 3000 LC + Sciex 5500 QTRAP

Dionex Ultimate 3000 LC + Sciex 5500 QTRAP

Dionex Ultimate 3000 LC + Sciex 5500 QTRAP

Folyadékkromatográffal kapcsolt hibrid lineáris ioncső–hármas kvadrupól rendszer. Az ion-trap üzemmód többszörös fragmentációt (MS³) is lehetővé tesz a mélyebb szerkezeti jellemzéshez.

  • Kis molekulák azonosítása és kvantifikálása
  • Multireziduumos analitika
  • Szerkezeti felderítés MS³ módban
LC–MS/MSQTRAP hibrid

Sejt- és szövettenyészet

SHEL LAB CO₂ inkubátor

SHEL LAB CO₂ inkubátor (High Heat Decon)

SHEL LAB CO₂ inkubátor (High Heat Decon)

180 °C-os száraz hővel dekontaminálható CO₂-inkubátor, amely maximális sterilitást biztosít a sejttenyészetek számára külső fertőtlenítőszerek használata nélkül.

  • Emlős sejttenyészetek fenntartása
  • Primer sejtkultúrák inkubálása
  • Kontaminációmentes környezet
CO₂ inkubátor180 °C dekontamináció
Euroclone Safemate 1.5 Eco

Euroclone Safemate 1.5 Eco

Euroclone Safemate 1.5 Eco

II. osztályú biológiai biztonsági fülke, amely HEPA-szűrőkkel védi a kezelőt és a mintát egyaránt. Energiatakarékos kialakítás hosszabb munkamenetekhez.

  • Steril sejttenyésztési műveletek
  • Fertőző anyagok biztonságos kezelése
  • Génterápiás vektor előállítás
BSC Class IIHEPA-szűrő
Euroclone Safemate 1.2 Cyto

Euroclone Safemate 1.2 Cyto

Euroclone Safemate 1.2 Cyto

Citotoxikus anyagok kezelésére tervezett biztonsági fülke, amely negatív nyomáskülönbséggel védi a kezelőt a veszélyes aeroszoloktól és gőzöktől.

  • Citosztatikumok kezelése
  • Kemoterápiás szerek előkészítése
  • Toxikus vegyületek biztonságos használata
Cyto fülkeNegatív nyomás
ESCO Class II Biológiai Biztonsági Fülke

ESCO Class II Biológiai Biztonsági Fülke

ESCO Class II Biológiai Biztonsági Fülke

Kompakt, II. osztályú biztonsági fülke, amely vertikális lamináris áramlással nyújt kettős védelmet: a mintát és a kezelőt is megóvja a keresztkontaminációtól.

  • Általános sejttenyésztés
  • Mikrobiológiai munkák
  • Minta előkészítés szekvenáláshoz
BSC Class IIVertikális áramlás
ESCO CelCulture CO₂ inkubátor

ESCO CelCulture CO₂ inkubátor

ESCO CelCulture CO₂ inkubátor

Precízen szabályozható hőmérsékletű és CO₂-koncentrációjú inkubátor, amely egyenletes tenyésztési körülményeket biztosít akár több száz tenyésztőedényben párhuzamosan.

  • Hosszú távú sejttenyészet fenntartás
  • 3D sejttenyészetek és organoidok
  • Differenciálódási kísérletek
CO₂ inkubátorPrecíz szabályozás
Binder inkubátor

Binder inkubátor

Binder inkubátor

Megbízható, stabil hőmérsékletű inkubátor általános laboratóriumi és sejttenyésztési feladatokhoz. Homogén hőeloszlást biztosító konvekciós rendszerrel felszerelt.

  • Bakteriális tenyészetek inkubálása
  • Enzimreakciók inkubálása
  • Általános laboratóriumi inkubáció
InkubátorKonvekciós

Flowcitometria

BD FACSCanto II

BD FACSCanto II

BD FACSCanto II

Két lézeres analitikai flowcitométer, amely egyszerre akár 8 fluoreszcens paramétert képes mérni. Megbízható, széles körben validált platform immunfenotipizáláshoz.

  • Immunfenotipizálás
  • Apoptózis vizsgálatok
  • Sejtciklus elemzés
2 lézer, 8 színAnalitikai
BD FACSAria III

BD FACSAria III

BD FACSAria III

Csúcskategóriás sejt-szortírozó, amely nagy tisztaságú és nagy hatékonyságú sejtválogatást tesz lehetővé akár 4 populáció egyidejű izolálásával. Steril körülmények között használható.

  • Ritka sejtek izolálása
  • Klónozási célú egysejtválogatás
  • Többparaméteres sejt-szortírozás
Sejt-szortírozó4-irányú válogatás
Cytek Northern Lights

Cytek Northern Lights

Cytek Northern Lights

Spektrális flowcitométer, amely a hagyományos szűrők helyett teljes emissziós spektrumot rögzít. Ezzel akár 40+ marker egyidejű mérését teszi lehetővé egyetlen mintából.

  • Többszínű immunfenotipizálás (40+ marker)
  • Autofluoreszcencia elkülönítés
  • Ritka sejtpopulációk azonosítása
Spektrális FC40+ marker
Cytek FlowSight

Cytek FlowSight

Cytek FlowSight

Képalkotó flowcitométer, amely minden egyes átáramló sejtről nagy felbontású fluoreszcens és brightfield képet készít. A morfológia és a marker-expresszió együttes értékelésére alkalmas.

  • Sejt morfológiai elemzés
  • Ko-lokalizációs vizsgálatok
  • Sejthalál-típus megkülönböztetés
Imaging FCSejt-képalkotás

Munkatársak

Gyenesei Attila

Dr. Gyenesei Attila

Központvezető

Gálik Bence

Dr. Gálik Bence

Bioinformatikus

Urbán Péter

Urbán Péter

Laboratóriumvezető

Kajtár Béla

Dr. Kajtár Béla

Molekuláris genetikai diagnosztikai munkatárs

Gombos Katalin

Dr. Gombos Katalin

Klinikai laboratóriumi kutató

Kálmán Bernadette

Prof. Dr. Kálmán Bernadette

Molekuláris genetikai diagnosztikai munkatárs

Tompa Márton

Dr. Tompa Márton

Molekuláris biológus

Lambert Nándor

Dr. Lambert Nándor

Tömegspektrometria munkatárs

Heidinger-Felső Regina

Heidinger-Felső Regina

Biobank koordinátor

Mátyás Mónika

Mátyás Mónika

Projektmenedzser

Béres Petra

Béres Petra

LIMS menedzser

Herczeg Róbert

Dr. Herczeg Róbert

Bioinformatikus

Kun József

Dr. Kun József

Bioinformatikus

Schmalz Dániel

Schmalz Dániel

Bioinformatikus

Bauer Witold

Bauer Witold

Bioinformatikus

Zsiborás Réka

Zsiborás Réka

Laboratóriumi munkatárs

Harangozó-Dimák Adrienn

Harangozó-Dimák Adrienn

Laboratóriumi munkatárs

Géczi Fanni

Géczi Fanni

Laboratóriumi munkatárs

Kutyáncsánin Damir

Kutyáncsánin Damir

Laboratóriumi munkatárs

Palkó-Lukács Luca

Palkó-Lukács Luca

Laboratóriumi munkatárs

Révész Nikoletta

Révész Nikoletta

Laboratóriumi munkatárs

Molnár Valentin

Molnár Valentin

Laboratóriumi munkatárs

Brunyainé Czuni Lilla

Brunyainé Czuni Lilla

Laboratóriumi munkatárs

Koczka Tamás

Koczka Tamás

Laboratóriumi munkatárs

Beck Andrea

Beck Andrea

Dizájn menedzser